A finales del siglo XIV el Tibet vuelve a recuperar su independencia bajo el control de dinastías autóctonas. Es en esta época cuando el Lama Je Tsong Khapa inició un renacimiento espiritual, creando la escuela Guelugpa, recuperando la estricta disciplina monástica, e iniciando la tradición del Gran Festival de las Oraciones o Monlan Chenmo que era conmemorado anualmente en el Tíbet hasta 1.960.

        En los siglos XV y XVI continuó creciendo la influencia de las instituciones monásticas frente a las militares debido a la politica de la No Violencia.

En 1642 el emperador mongol Gushri Khan pone el poder religioso y político en manos del V Dalai Lama.

Su Santidad el Quinto Dalai Lama Ngawang Lobsang Gyatso (1617-1682), llamado "El Grande", fue proclamado rey del Tíbet y fundó los palacios de Ganden y el Pótala. Desmilitarizó totalmente el país promoviendo las instituciones monásticas y continuando con la política de No Violencia. 

        En 1.652 se firma un tratado con el emperador manchú Shun Shih, en el cual China se compromete a proteger las naciones budistas desmilitarizadas como eran ya Tibet y, debido a su influencia,  Mongolia, y englobarlas en un protectorado. Posteriormente los manchúes entran en Lhasa para expulsar a los mongoles y establecer un control administrativo del Tibet.

        En 1792 el emperador Qianlong envió sus tropas al Tíbet para expulsar a los Gurkas procedentes del Nepal. Tras la muerte de este emperador el Tibet empieza a recuperar su independencia, ya que los manchúes no tomaron parte en las guerras posteriores del Tíbet con Ladakh en 1842 o con Nepal en 1858